A nossa microbiota intestinal sofre influências do ambiente externo e do interno, tais como alimentação e resposta imunológica, respectivamente, desde o início da vida.
As primeiras bactérias que colonizam a mucosa gastrointestinal modulam a expressão gênica das células epiteliais, favorecendo a síntese de substâncias favoráveis à multiplicação de sua espécie e dificultando o crescimento de outros tipos de microrganismos.
Algumas bactérias podem colonizar o intestino do bebê ainda durante a gestação, mas o início da colonização principal se dá, de fato, durante o parto. Lactobacillus e Prevotella, presentes no microbioma vaginal, colonizam o trato gastrointestinal do recém-nascido, enquanto Staphylococcus e Propionebacterium, presentes na pele, fazem esse papel no parto cesáreo. Portanto, o modo de nascimento é determinante para a colonização inicial do trato gastrointestinal.
O aleitamento materno permite que bactérias da pele da mãe e do próprio leite materno colonizem o intestino do bebê com Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus, Lactobacillus e Bifidobacterium. Esses dois últimos têm a capacidade de sintetizar ácidos graxos de cadeia curta pela fermentação de oligossacarídeos presentes no leite, o que é benéfico para as células da mucosa intestinal por serem substrato energético para os enterócitos, além de impedir a proliferação de microrganismos patogênicos e reduzir o risco de alergias no bebê. Já as fórmulas infantis favorecem a colonização por Clostridium difficile, C. perfringens, Bacteroides e enterobactérias, visto que precisam de manipulação e utilização de água e utensílios para o preparo das fórmulas, aumentando o risco de contaminação por microrganismo patogênicos. Além disso, as fórmulas infantis não possuem substâncias prebióticas e bifidogênicas naturalmente encontradas no leite materno, que influenciam a maturação do trato digestório e a colonização microbiana.
Aos seis meses de vida, com a introdução de novos alimentos, novos microrganismos colonizam a microbiota do bebê, aumentando a diversidade bacteriana. Com o passar dos anos, há redução de Bifidobacterium. Aos dois anos de idade a microbiota se torna mais estável – e sua composição é muito semelhante àquela que o indivíduo irá “carregar” ao longo da sua vida.
O microbioma do adulto possui três enterotipos predominantes: Prevotella (associado ao consumo de dietas ricas em carboidratos), Bacteroides (associado ao consumo de dietas ricas em proteína e gordura animal) e Ruminococcus. Idosos apresentam redução de bactérias benéficas associadas ao filo Bacteroidetes e aumento de espécies do filo Firmicutes. Essas alterações provavelmente estão relacionadas à sensibilidade do sistema imunológico.
Fatores ambientais como a composição da dieta, o sedentarismo, o uso de medicamentos e antibióticos e situações de estresse alteram o equilíbrio da microbiota intestinal.
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